Séquençage de l’ADN à partir du sol appelé «  atterrissage sur la lune de la génomique  »


Des chercheurs de l’Université de Copenhague affirment que leur séquençage ADN des sédiments d’une grotte mexicaine annonce une nouvelle frontière pour la génomique.

Les scientifiques ont fait une percée majeure dans le séquençage de l’ADN qu’ils ont décrit comme «les atterrissages sur la lune de la génomique» car les chercheurs n’auront plus à utiliser des fossiles pour déterminer l’ascendance génétique.

Le groupe, qui est basé au Centre GeoGenetics de la Fondation Lundbeck de l’Université de Copenhague, a séquencé pour la première fois de l’ADN ancien du sol. Ils affirment que cette avancée pourrait transformer la manière dont la recherche est menée sur le terrain.

Dirigée par le directeur de la fondation, le professeur Eske Willerslev, l’équipe a utilisé des fragments microscopiques d’ADN trouvés dans la grotte de Chiquihuite au Mexique pour recréer les génomes d’animaux, de plantes et de bactéries anciens. Parmi eux se trouvait un ancêtre de l’ours le plus répandu en Amérique du Nord, l’ours noir.

La grotte de Chiquihuite est un site d’altitude situé à 2750 mètres d’altitude. Au cours de l’étude, près de 2000 outils en pierre et petits fragments d’outils, appelés flocons, ont été découverts.

L’étude, publiée dans Current Biology, est la première à séquencer l’ADN environnemental du sol et des sédiments. Les échantillons étaient composés de fèces et de gouttelettes d’urine de l’ours, ce qui a permis aux scientifiques de recréer les génomes de deux espèces: l’ours noir américain de l’âge de pierre et un ours à visage court appelé nous Arctodus, qui a disparu il y a 12 000 ans.

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nous Arctodus était un énorme ours prédateur à face courte qui mesurait près de deux mètres de haut juste à quatre pattes et pouvait peser jusqu’à 1000 kg.

Le professeur Willerslev a déclaré: «Lorsqu’un animal ou un humain urine ou défèque, les cellules de l’organisme sont également excrétées. Et les fragments d’ADN de ces cellules sont ce que nous pouvons détecter dans les échantillons de sol.

«À l’aide de techniques de séquençage extrêmement puissantes, nous avons pour la première fois reconstruit des génomes – des profils génétiques – à partir de ces fragments. Nous avons montré que les cheveux, l’urine et les matières fécales fournissent tous du matériel génétique qui, dans les bonnes conditions, peut survivre bien plus de 10 000 ans.

«Partout dans le monde, toutes les personnes scientifiquement impliquées dans l’étude de l’ADN ancien ont reconnu la nécessité de reconstruire des génomes à partir de fragments trouvés dans le sol ou les sédiments. Pouvoir le faire pour la première fois signifie que nous avons ouvert une nouvelle frontière.

«L’analyse de l’ADN trouvé dans le sol pourrait avoir le potentiel d’élargir le récit sur tout, de l’évolution des espèces aux développements du changement climatique – c’est l’alunissage de la génomique parce que les fossiles ne seront plus nécessaires.

Le premier auteur de l’article, le professeur Mikkel Winther Pedersen, a ajouté: «Nous avons publié pour la première fois un profil ADN d’un ours noir américain qui vivait dans une grotte de montagne dans le nord du Mexique à l’âge de pierre. Je n’exagère pas quand je dis que le potentiel d’extraire ce type d’informations à partir d’un échantillon de sol de quelques grammes à peine va révolutionner notre domaine. »

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