Michael Toole du Burnet Institute explique pourquoi la variante Delta du SRAS-CoV-2 est plus préoccupante que les variantes précédentes.
Alors que les Australiens peuvent se concentrer sur les ravages que la variante Delta fait sur nos côtes, Delta est en fait à l’origine de vagues d’infections à Covid dans le monde entier.
Avec l’avertissement de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), Delta deviendra rapidement la souche dominante, examinons cette variante dans un contexte mondial.
L’ascension et l’ascension de Delta
La variante Delta (B.1.617.2) est apparue discrètement dans l’État indien du Maharashtra en octobre 2020. Elle a à peine provoqué une vague à un moment où l’Inde signalait environ 40 000 à 80 000 cas par jour, la plupart étant la variante Alpha (B. 1.1.7) trouvé pour la première fois au Royaume-Uni.
Cela a changé en avril lorsque l’Inde a connu une vague massive d’infections culminant à près de 400 000 cas quotidiens à la mi-mai. La variante Delta est rapidement devenue la souche dominante en Inde.
L’OMS a désigné Delta comme variante préoccupante le 11 mai, ce qui en fait la quatrième variante de ce type.
La variante Delta s’est rapidement répandue dans le monde et a été identifiée dans au moins 98 pays début juillet. C’est maintenant la variété dominante dans des pays aussi divers que le Royaume-Uni, la Russie, l’Indonésie, le Vietnam, l’Australie et les Fidji. Et c’est à la hausse.
Aux États-Unis, Delta a représenté un cas de Covid sur cinq au cours des deux semaines précédant le 19 juin, contre seulement 2,8 % au cours des deux semaines précédant le 22 mai.
Pendant ce temps, une mise à jour hebdomadaire de Public Health England du 25 juin a signalé une augmentation de 35 204 cas Delta depuis la semaine précédente. Plus de 90 % des cas séquencés étaient la variante Delta.
En seulement deux mois, Delta a remplacé Alpha en tant que souche dominante du SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni. L’augmentation concerne principalement les groupes d’âge plus jeunes, dont une grande partie ne sont pas vaccinés.
Deux mutations clés
Les scientifiques ont identifié plus de 20 mutations dans la variante Delta, mais deux peuvent être cruciales pour l’aider à se transmettre plus efficacement que les souches antérieures. C’est pourquoi les premiers rapports en provenance d’Inde l’ont qualifié de « double mutant ».
La première est la mutation L452R, que l’on retrouve également dans le variant Epsilon, désigné par l’OMS comme variant d’intérêt. Cette mutation augmente la capacité de la protéine de pointe à se lier aux cellules humaines, augmentant ainsi son infectiosité.
Des études préliminaires suggèrent également que cette mutation peut aider le virus à échapper aux anticorps neutralisants produits par les vaccins et l’infection précédente.
La seconde est une nouvelle mutation T478K. Cette mutation est située dans la région de la protéine de pointe SARS-CoV-2 qui interagit avec le récepteur ACE2 humain, ce qui facilite l’entrée virale dans les cellules pulmonaires.
La variante Delta Plus récemment décrite porte également la mutation K417N. Cette mutation se retrouve également dans la variante Beta, contre laquelle les vaccins Covid pourraient être moins efficaces.
Une bonne chose à propos de la variante Delta est le fait que les chercheurs peuvent la suivre rapidement car son génome contient un marqueur qui manque à la variante Alpha auparavant dominante.
Ce marqueur – connu sous le nom de « cible du gène S » – peut être vu dans les résultats des tests PCR utilisés pour détecter Covid-19. Ainsi, les chercheurs peuvent utiliser les résultats positifs de la cible S comme proxy pour cartographier rapidement la propagation de Delta, sans avoir besoin de séquencer complètement les échantillons.
Pourquoi Delta est-il un souci ?
Les conséquences les plus redoutées de toute variante préoccupante concernent l’infectiosité, la gravité de la maladie et l’immunité conférée par une infection antérieure et des vaccins.
L’OMS estime que Delta est 55 % plus transmissible que la variante Alpha, qui était elle-même environ 50 % plus transmissible que le virus original de Wuhan.
Cela se traduit par un taux de reproduction effectif de Delta (le nombre de personnes en moyenne qu’une personne infectée par le virus infectera, en l’absence de contrôles tels que la vaccination) étant de cinq ou plus. Cela se compare à deux à trois pour la souche d’origine.
Il y a eu des spéculations sur le fait que la variante Delta réduise le soi-disant « intervalle de série » ; la période de temps entre l’infection d’un cas index et le test positif de ses contacts familiaux.
Cependant, dans une étude de pré-impression (une étude qui n’a pas encore été évaluée par des pairs), des chercheurs de Singapour ont découvert que l’intervalle en série de transmission domestique n’était pas plus court pour Delta que pour les souches précédentes.
Une étude réalisée en Écosse, où la variante Delta est prédominante, a révélé que les cas Delta entraînaient des hospitalisations 85 % plus élevées que les autres souches. La plupart de ces cas, cependant, n’étaient pas vaccinés.
La même étude a révélé que deux doses de Pfizer offraient une protection de 92pc contre les infections symptomatiques pour Alpha et de 79pc pour Delta. La protection contre le vaccin AstraZeneca était substantielle mais réduite : 73pc pour Alpha contre 60pc pour Delta.
Une étude de Public Health England a révélé qu’une dose unique de l’un ou l’autre des vaccins n’était efficace que de 33 % contre la maladie symptomatique, contre 50 % contre la variante Alpha. Il est donc extrêmement important d’avoir une deuxième dose.
Dans un article pré-imprimé, Moderna a révélé que son vaccin à ARNm était protégé contre l’infection Delta, bien que la réponse en anticorps ait été réduite par rapport à la souche d’origine. Cela peut affecter la durée de l’immunité.
Un défi mondial
La variante Delta est plus transmissible, provoque probablement une maladie plus grave, et les vaccins actuels ne fonctionnent pas aussi bien contre elle.
L’OMS prévient que les pays à faible revenu sont les plus vulnérables à Delta car leurs taux de vaccination sont si faibles. Les nouveaux cas en Afrique ont augmenté de 33 % au cours de la semaine jusqu’au 29 juin, les décès de Covid-19 ayant bondi de 42 %.
Il n’y a jamais eu un moment où l’accélération du déploiement du vaccin dans le monde n’a été aussi urgente qu’aujourd’hui.
Le chef de l’OMS, Tedros Adhanom Gebreyesus, a averti qu’en plus de la vaccination, des mesures de santé publique telles qu’une surveillance stricte, l’isolement et les soins cliniques restent essentielles. De plus, s’attaquer à la variante Delta nécessitera l’utilisation continue du masque, l’éloignement physique et le maintien d’espaces intérieurs bien ventilés.
Par Michel Toole
Michael Toole est professeur de santé internationale au Burnet Institute.
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